Hoàng Phùng Cơ có sau người con trai, bốn người chết trong trận chống quân Tây Sơn ở hồ Thủy Ái. Hai người con trai còn lại, một người là Hồ Phùng Vạn sau theo phò Chiêu Thống Đế, một người khác là Hoàng Phùng Gia sau theo Tây Sơn làm chức Đô đốc.

Người con rể của ông là Trương Đài sau khởi binh chống lại Gia Long Nguyễn Phúc Ánh, bị giết chết.

Thuộc tướng của ông là Nguyễn Bá Xuyến bị thương trong trận đánh với quân Lê Duật sau này theo hàng quân Nguyễn Phúc Ánh chống lại Tây Sơn. Sau này Nguyễn Bá Xuyến làm An phủ sứ phủ Hoài Đức, tức là phủ Phụng Thiên thời Hậu Lê.